Ankara savaşında Yıldırım Bayezıd´ı yenen Timur, orduları ile Bursa´ya gelip, caminin kuzey kapısını yakarak tahrip etmiştir. Karamanoğlu Mehmet Bey tarafından da çevresine odun yığılarak yakılmıştır. 1855 yılında meydana gelen depremde caminin on sekiz kubbesi çökmüş, sadece batı minaresinin dibindeki kubbe ile mihrap önü kubbesi ayakta kalmıştır. 1889 yılında çıkan bir yangında minarelerin ahşap olan külahları yanmış, sonrasında kâgir olarak yeniden yapılmıştır. 1959-1961 yıllarındaki onarımlarda sıvalı olan duvarlar kazınmış, kuzey yönündeki kapı da aslına uygun olarak yeniden yapılmıştır. 1494, 1503, 1551, 1563, 1567, 1572, 1668, 1670, 1724, 1742, 1815, 1855 ve1861 yıllarında büyük çapta onarımlar yapılmış, bugünkü görünümüne kavuşmuştur.
